Hidrografía:
Apaseo el Alto se ubica en la cuenca del Río Lerma. Todos los pequeños ríos y arroyos pertenecen a la vertiente del Océano Pacífico. Los principales afluentes del Municipio son: el arroyo Apaseo el Alto, que nace en la Cañada de Mandujano y va aumentando su caudal con el agua emanada de los muchos manantiales que nacen en la ribera de su cauce.
En el municipio se localizan los arroyos de Capula, El Sabino, Pájaro Azul y Santa Isabel; las presas el Cedazo, Mandujano, Paredones, La China y Gamboa, y los manantiales El Sabinito, Agua Tibia, Los Baños, El Ojo de Agua, y El Tajo.
Existen algunas corrientes de aguas calientes subterráneas cuyas temperaturas alcanzan hasta 96′ C., como en el caso de San Bartolomé Aguascalientes y Marroquín dentro del municipio.
El Arroyo de Capula proviene del Estado de Querétaro y en su paso forma la presa de Gamboa, cuyas aguas salientes se juntan con las del vaso de la Presa de La China y Paredones. A las aguas del Arroyo de Capula, se le unen los arroyos Pájaro Azul y Santa Isabel para formar la Presa de Espejo o Mandujano, aguas que al seguir su cauce natural, llegan al parque natural El Sabino, al término del cual se ubica la presa del mismo nombre. Todo el caudal anterior lo acapara el Bordo de San Cristóbal, que irriga tierras del ejido ex-hacienda del mismo nombre.
El Arroyo Hondo, recibe las aguas pluviales del Centro de la Cruz, atraviesa la Carretera Panamericana y desemboca en el Arroyo Apaseo el Alto, cerca del poblado de La Presita.
Apaseo el Alto tuvo su ancestral riqueza en la gran cantidad de manantiales que emergían del subsuelo de su actual territorio; aún se conservan los de la Cañada, cueva del Cedazo, Los Ates, Agua Tibia, El Rejalgar, pero desaparecieron Anchetlé (junto a las pirámides de San Bartolomé), la Quinta de Espejo, La Tinaja Samaritana, Las Coronas, El Tajo, Los Baños, Ojo de Agua del Pueblo, etc.
Las obras de bordería existentes en el municipio son: Presa de Espejo o Mandujano, Barajas, Gamboa, Paredones, Bordo de Benignos y de San Marcial, etc.
El Municipio cuenta también con una cuenca de aguas termales sulfurosas: Marroquín y San Bartolomé Aguascalientes, cuya propiedad de sus aguas sirvieron para que Beatriz de Tapia heredara la construcción de un hospital, aguas que además de curativas fueron propicias para la engorda de ganado y el establecimiento de Marroquines o Marroquinerías (curtido de pieles),
Orografía:
Predomina la topografía semi-plana, aunque el municipio está enclavado en la Sierra de los Agustinos. Los cerros más importantes son: el Cerro de La Cruz con 2540 m sobre el nivel del mar, Cerro del Capulín 2470 m, Cerro Las Minillas con 2300 m, Mesa del Sastre con 2170 m, Cerro Chato, El Maguey y Las Mulas con 2150 m sobre el nivel del mar.
Información publicada por Francisco Sauza Vega en su libro: «Apaseo el Alto, el municipio joven de Guanajuato», publicado en 2010.
Guía de Apaseo el Alto 
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